Pero Pedro el Grande al tomar posesión del trono, el convento pasó por una peligrosa batalla política. Sofía Alekseyevna permaneció en el convento contra su voluntad hasta el día de su muerte en 1704. Los dos hermanos de Pedro el Grande y su primera esposa fueron enterrados en la Catedral Smolensky del convento. El Convento Novodevichy ha experimentado una historia muy alborotada y gravemente dañada durante el período de disturbios, cuando el ejército polaco y sueco capturó al convento en 1612.

Poco después fue liberado por el ejército ruso. Los edificios eclesiásticos se han reestructurado a finales de ese siglo al estilo de la moda excesiva de Moscú. El convento Novodevichy fue atacada por segunda vez, cuando Napoleón ordenó la destrucción del Convento de Novodevichy, al momento de retirarse con sus tropas de Moscú, fue entonces cuando unas  monjas del convento descubrieron el fuego que se estaba esparciendo por toda la iglesia y que conducían a los barriles de pólvora amontonadas en el sótano de la Catedral Smolensky, la ayuda llegó justo a tiempo y se pudo apagar y salvar al convento de la destrucción.

Tan pronto como se fundó este convento, el cementerio se construyó para que posteriormente se convirtiera en un lugar de entierro para los funcionarios de la iglesia, las familias nobles y los señores feudales de Moscú. El cementerio está dividido en dos secciones, el cementerio viejo que se encuentra dentro del convento y el cementerio nuevo que esta situado a su costado.