Esta excavación fue diseñada por Alevisio Friazin y tuvo una extensión de 32 metros de ancho por 12 metros de profundidad y fue conectada por el sur con el río Moscú y por el suroeste con el río Neglinnaya para ser abastecida de agua. El Kremlin se convirtió en una fortaleza de la isla, protegido de forma segura por todos los lados y sobre todo protegido por las puertas. También se construyó puentes de madera, que fueron sustituidos por los puentes de piedra construidos en el siglo XVII.

Dicho puente se construyó por encima de la excavación hacia las puertas de entrada de las torres de Spassky y San Nicolás. El comercio se levantó a raíz de este puente, a pesar de que el Kremlin era una fortaleza y en algunos detalles se asemejaba a un castillo antiguo. El Kremlin conserva una estructura tradicional y tiene el diseño típico de un centro avanzado de la ciudad de Rusia. Mientras se llevaba a cabo las excavaciones, se encontraron carreteras antiguas, sótanos con estructuras hechas de madera e iglesias y cementerios.

Todo esto fue descubierto en las excavaciones del Kremlin, las murallas militares de la ciudadela del Kremlin mejoraron y sus cualidades protectoras se han reforzado y su arquitectura cambió junto con el desarrollo de la técnica del lugar. Las torres se construyeron más cerca unos de otros en el lado sur de la fortaleza. En el siglo XVII, muchas armas de fuego se colocaron en las torres y en las paredes del Kremlin.